El colegio se ubicó en un predio que ocupaba el antiguo hospicio de la Merced en donde se encuentra actualmente.
Se convirtió en Colegio Nacional por decreto del gobierno nacional del 9 de diciembre de 1865.
El Colegio Nacional de San Juan fue el tercero que funcionó en la República Argentina con característica de nivel secundario y preparatorio para la universidad
En la ocasión el gran maestro pronunció un elocuente discurso donde expuso sus ideas con respecto a la necesidad de la provincia de contar con un establecimiento de nivel secundario, “…cábenos a nosotros, no lo olvidemos, después de tres siglos de existencia como sociedad, intentar el primer esfuerzo serio para establecer una casa de educación superior que prepare para las profesiones científicas o literarias…” O. C. tomo XXI
